1. 皮卡丘
EP001（神奇宝贝1）中初次登场，小智最初的宝可梦，具有顽强的性格，陪伴小智前往多个地区旅行，并且参加过大大致小数十场道馆和联盟大赛。实力出众，拥有战胜传说的宝可梦雷吉艾斯和战平拉帝欧斯的战绩。
2. 小火龙
小火龙本是被另一位训练家抛弃的宝可梦，EP016（神奇宝贝1）中小智、小刚在雨中搭救使得小火龙最终加入了小智的队伍。EP042中打败椰蛋树军团后进化为火恐龙。EP045中为了与化石翼龙决斗，火恐龙强迫自己进化成了喷火龙。EP135中，小智将喷火龙留在了喷火龙山谷。随后也多次回归，并发挥了重要影响。
3. 大钳蟹
小智在EP13（神奇宝贝1）收服的宝可梦。EP76的石英大会第一轮比赛中进化成巨钳蟹。已知招式有夹住、踩踏、泡沫光线和破坏光线；曾用招式有水、瞪眼、变硬和蟹钳锤。
4. 臭臭泥
EP030（神奇宝贝1）登场的破坏发电厂的臭泥首领，小智将其收服。常和大木博士及其他人黏在一起。喜欢压住其他人和宝可梦。在石英大会，白银大会和铃兰大会都有回归。已知招式有泰山压顶和污泥。
5. 妙蛙种子
EP010（神奇宝贝1）登场的守护宝可梦乡的宝可梦，开始对小智有敌意，后释疑。宝可梦乡的少女为了妙蛙种子能够增加经验，让小智将其收服带走。EP50曾有机会进化成妙蛙草，然而拒绝进化，并学会了绝招日光束。EP226中妙蛙种子回到了真新镇大木研究所，成为维持周边宝可梦和谐相处的守护者。之后更曾参加城都联盟和对战开拓区的比赛。
6. 卡比兽
小智在EP095（神奇宝贝1）中收服的大胃王，非常特别，是一只懂得游泳而且速度亦比同类快的卡比兽。后来它参加过城都地区的宝可梦相扑大会，获得优胜。后来卡比兽还参加过城都联盟道馆比赛及白银大会、挑战对战开拓区的比赛和神奥联盟比赛。
7. 赫拉克罗斯
EP120（神奇宝贝1）中，一只舍身保护被凯罗斯们攻击的巴大蝶的赫拉克罗斯，被小智救出后，跟随并帮助小智等人来带凯罗斯的森林，击败。自愿跟随小智，被小智收服。小霞不讨厌的虫宝可梦其中一个，性格温顺，喜欢吸食树枝和妙娃种子身上树汁，多次参加联盟比赛，也参加过对战开拓区的比赛。菊草叶神奇宝贝的故事
在一个动漫全球中，有着各种各样的神奇宝贝。在某部作品的第127集中，小智遇到了一只名叫菊草叶的神奇宝贝。它非常喜欢小智，并常常妒忌皮卡丘总是能生活在神奇表神奇宝贝球之外。经过一系列的冒险和锻炼，菊草叶在某次逃脱的追击后，成功进化成了月桂叶。在前往芳缘的旅途中，小智为了让它在大木研究所得到更好的照顾，将它留在了那里。菊草叶的绝招包括飞叶快刀、藤鞭等。
在另一集中，小智又收服了一只火球鼠。这只火球鼠刚开始的时候，火焰技能锻炼得并不好，但在小智的悉心指导下，它逐渐成长并进化。火球鼠具有冲击、电光一闪、烟幕等绝招，同样在前往芳缘的旅途中被留在了大木研究所。
随着故事的进行，小智又收服了其他多种神奇宝贝，如小锯鳄、猫头夜鹰、大针蜂等。其中，小锯鳄非常喜欢跳舞，它的跳舞在战斗中也有所帮助。而在一次天然公园的捕虫大会中，小智收服了一只罕见色违的大针蜂，但大会结束后，它被送给了奈奈。
进入第二部后，小智又收服了许多新的神奇宝贝，如麻燕（傲骨燕）、草青蛙（木守宫）、龙虾小兵等。其中，麻燕原本是傲骨燕群的首领，但在与小智的战斗中被收服。而草青蛙则是从巨大树上来的，有些叛逆但它也保护过关注着的大菊花。这些神奇宝贝都有各自的特性和绝招，是小智旅途中不可或缺的伙伴。它们或在旅途中被暂时留在大木研究所，或陪伴小智一同前行。
到了新的篇章中，还有更多的神奇宝贝加入了小智的队伍。如雪童子在暴风雪中小智拼命保护后加入了队伍，并进化成为冰鬼护；长尾猴偷走了小智的帽子后被收服；胖胖翁在寻找皮卡丘的途中也加入了小智的队伍并进化成卷毛翁等。
还有一些未被正式收服但与小智有过一段故事的神奇宝贝，如鬼斯通、小火马、由基拉等。它们都在不同的故事中给观众留下了深刻的印象。
除了这些神奇宝贝外，《精灵宝可梦’里面还有许多其他各具特色的精灵等待我们去探索和了解。比如皮卡丘、泳气鼬、姆克儿和草苗龟等都是小智旅途中不可或缺的伙伴。它们各自有着特殊的能力和特性，在与敌人战斗时总能发挥出意想不到的力量。无论是被留在大木研究所还是陪伴在小智身边，它们都是这个故事中不可或缺的一部分。草苗龟是《精灵宝可梦钻石与珍珠（第三部）’里面小智的神奇宝贝其中一个，它性格温驯，会用咬的方式向训练家表达爱意。当它口渴时，头上的叶子会枯萎，因此它必须生活在靠近河流的区域。它的龟壳是由土壤构成，吸水后会变得更硬。
小编认为‘神奇宝贝钻石&珍珠’里面，姆克鸟是小智收服的神奇宝贝，它在第13集时进化成主力神奇宝贝姆克鹰。椋鸟是它的另一种译名。
小火猴是《精灵宝可梦钻石与珍珠（第三部）’里面小智的神奇宝贝其中一个，它是一只猴子模样的神奇宝贝，主要以橙色为主色调。它的火焰是由胃内气体燃烧而产生的，与小火龙不同，它的火焰不会在雨中熄灭，但在睡眠时会熄灭。
小编认为‘精灵宝可梦钻石与珍珠（第三部）’里面，双尾怪手是小智的另一只神奇宝贝。它是一种普通系的长尾神奇宝贝，当它进化后，会有两条尾巴，可以轻松剥开果实外壳。当它的尾巴围成圆圈时，是表示友谊的证明。
天蝎是小智的另一只神奇宝贝，它一直贴在岩壁上，发现猎物时便猛扑过去。它喜欢用尾部的针攻击猎物。在实施规划的经过中，它的行动曾遭到的破坏。
圆陆鲨是《精灵宝可梦钻石与珍珠’里面小智在157集收服的神奇宝贝。它是一只爱捣蛋的神奇宝贝，力量很大，喜欢用石头砸人。
天蝎王是小智的另一只神奇宝贝，它会用尾巴吊在树上观察猎物，接着趁其不备时从空中发起袭击。
树林龟是小智的另一只神奇宝贝，生活在森林里的水源边。白天它会从森林里出来，让甲壳上的树接受阳光照射。据说在森林里生活的树林龟都有自己专用的清冽泉眼。
姆克鹰是小智的神奇宝贝其中一个，它是由白头翁模样的姆克鸟进化而来的。它的头冠大大的突起，眼睛特别尖锐。虽然面对比自己身体大的敌人时也特别勇壮，但它也能温和地抓起小神奇宝贝飞翔在天空。
